O porto fluvial do Pomarão, inaugurado em 1859, foi construído nos primeiros anos após a redescoberta da mina em 1854, tal como a aldeia portuária e o caminho-de-ferro. Durante o período de laboração, o porto, situado cerca de 40 km a montante da embocadura do Guadiana na confluência deste com o rio Chança, permitiu a acostagem anual de centenas de navios trazendo materiais e equipamentos para a mina e levando cargas de minério. Ao Pomarão chegava a linha de caminho de ferro, com cerca de 17 km de extensão, que ligava o porto à zona de extracção de minério na Mina de S. Domingos e aos restantes locais do complexo industrial: Achada do Gamo, Moitinha e Oficinas Ferroviárias. A primeira versão do caminho-de-ferro utilizava tracção animal (muares) e foi inaugurada em 1862. A versão definitiva, com uma bitola mais larga (3' 6'' ou 1065 mm) e tracção por locomotivas a vapor foi inaugurada 5 anos depois, em 1867. A dragagem do leito do Guadiana foi efectuada continuamente pela empresa Mason & Barry enquanto durou a actividade da mina e do porto. A condução dos navios pelo longo e sinuoso leito fluvial era feita com recurso a pilotos especializados nesta função.